Обучение в Университете Метатрона проходит по клубной системе дистанционно (онлайн) и заочно. Есть живые групповые онлайн-занятия, домашние задания для самостоятельной работы, индивидуальные консультации (на специализированном плане). На платных обучающих планах предусмотрены проверки наработанных практик.